Mit der Gründung der Universität Salzburg im Jahr 1623 wurde auch eine Universitätsbibliothek errichtet, die zunächst im Bereich der alten Universität untergebracht war und erst Ende des 18. Jahrhunderts an den heutigen Standort in der Hofstallgasse übersiedelte. 1704 wurde der erste handgeschriebene Zettelkatalog angelegt, der bis vor kurzem noch zum Nachweise der alten Bestände, bei denen es sich vor allem um theologische, geistes- und rechtswissenschaftliche Werke handelt, diente. Im frühen 19. Jahrhundert übernahm die Universitätsbibliothek die Bestände der Erzbischöflichen Hofbibliothek und weiterer Bibliotheken säkularisierter Klöster. Nach der Auflösung der Universität im Jahr 1810 erlebte auch die Universitätsbibliothek eine längere Ruhephase, die erst mit der Neugründung der Universität Salzburg im Jahr 1962 endete.
Heute präsentiert sich die Universitätsbibliothek Salzburg mit mehr als 2,3 Millionen Medien als eine moderne Informations- und Serviceeinrichtung für die Universität Salzburg und die Öffentlichkeit.