Die Universitätsbibliothek Greifswald gehört zu den ältesten Universitätsbibliotheken Deutschlands. Schon kurze Zeit nach ihrer Gründung im Jahre 1456 besaß die Universität Greifswald zwei Bibliotheken (Juristen- und Artistenfakultät). Grundlage war eine Schenkung des ersten Rektors und eigentlichen Initiators der Universitätsgründung, Heinrich Rubenow. Diese Bestände gingen jedoch in der Zeit der Reformation verloren.
Nach Neugründung der Universität als evangelische Hochschule dokumentiert eine Bücherbestellung vom 17. April 1604 erstmals die Existenz der Universitätsbibliothek. Dieser Tag gilt daher als Gründungsdatum der Universitätsbibliothek als eigenständige Einrichtung.
Aus der Zeit der Zugehörigkeit Greifswalds zu Schweden (1648-1815) resultieren umfangreiche wertvolle Altbestände an skandinavischer Literatur. Für die Jahre von 1773 bis 1815 erhielt die Universitätsbibliothek das Pflichtexemplar für das Königreich Schweden, einschließlich seiner finnischen und baltischen Provinzen.
In der preußischen Zeit von 1815 bis 1945 hatte die Universitätsbibliothek Greifswald das Pflichtexemplarrecht für Pommern, hierdurch konnte der zweite Schwerpunkt Pomeranica intensiviert werden.
Für den Bestandsaufbau war der Abschluss von Verträgen mit dem Rügisch-Pommerschen Geschichtsverein und dem Naturwissenschaftlichen Verein für Neuvorpommern und Rügen bedeutend, wodurch der Bibliothek die Buchbestände und der gesamte Zeitschriftentausch der beiden Vereine übergeben wurde.
Die im 2. Weltkrieg ausgelagerten Bestände sind nicht vollständig zurückgekehrt, hierdurch entstanden empfindliche Lücken, insbesondere im Bereich der niederdeutschen Literatur. Auch in der Zeit nach dem 2. Weltkrieg behielt die Universitätsbibliothek ihre Ausrichtung auf die nordeuropäischen und die baltischen Länder bei.