Knižnica bola založená v r. 1456/1604 a je jednou z najstarších univerzitných knižníc v Nemecku. Po znovu založení univerzity slúžiacej protestantom ako Alma mater sa objavil prvý dôkaz existencie univerzitnej knižnice slúžiacej pre všetky fakulty, ktorým bolo doručenie vedeckých kníh v r. 1604.

V čase, keď Greisfswald prináležal Švédskemu impériu (1648 – 1815), sa v knižnici zhromaždila nezvyčajne veľká a hodnotná zbierka škandinávskej literatúry. V tomto čase pribudli do knižnice dôležité historické zbierky regionálnych a baltických vedcov. V rokoch 1773 až 1815 mala knižnica právo povinného výtlačku, ktoré sa vzťahovalo na švédske tlače (v súčasnosti tento pojem zahŕňa Fínsko a Pobaltské krajiny). Počas pruskej nadvlády (1815 až 1945) bolo knižnici dané právo povinného výtlačku z oblasti Pomerania, čím sa posilnila jedna zo základných úloh knižnice, budovanie zbierky venovanej Pomeranii. Špeciálne zmluvy medzi knižnicou a regionálnymi akademickými spoločnosťami na trhu s literatúrou zdôraznil lokálnu špecifickosť knižnice.

Knižnica si kontinuálne utvrdzovala vzťah k škandinávskemu a baltickému regiónu. V r. 1998 bola Univerzitná knižnica v Greifswalde poverená štátnou úlohou týkajúcou sa zberu literatúry a médií z a o baltických krajinách. V súčasnosti slúži ako hlavná informačná brána pre baltické a severoeurópske štúdiá. V rámci digitalizačných služieb knižnica ponúka špecializované zdroje prostredníctvom svojej Virtuálnej knižnice Vifanord.